ソ連・SOLENとの戦闘後、大雨の悪天候のなかで、巨大な稲妻が鋼の乙女たちに直撃する。 乙女たちが意識を取り戻すと、そこは1960年のベトナムだった！ ベトナムは南北統一を巡る、ベトナム戦争の真っ只中で、乙女たちは新たな戦火に巻き込まれていく。
物語の初めは、イラン・イラク戦争が舞台。
アメリカが鋼の乙女連合軍の陣頭指揮を任されることになり、主人公は乙女たちの指揮官としてイランに派遣される。
1999年3月のNATO軍によるコソボ紛争（アライドフォース作戦）が舞台。
ユーゴスラビア国内のアルバニア系住民による独立運動が日増しに強まる中、アメリカを中心としたNATOの国々は、和平調停に乗り出す。
日本での仮想戦争が舞台。
SOLENがユーゴスラビアを攻撃した、という急報が入り、さらに次の目標が日本であると判明。急遽、主人公が日本に派遣され、対SOLEN戦の指揮をとることになる。