『萌え萌え大戦争☆げんだいばーん +(ぷらす)』の基本的なゲームの流れは、「アドベンチャーパート(ADV)」→「シミュレーションパート(SLG)」→「コミュニケーションパート(COM)」の3つで構成されており、一連の流れが終了すると、次のシナリオ(ADVパート)が開始されます。
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