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『萌え萌え大戦争☆げんだいばーん 3D』の基本的なゲームの流れは、「アドベンチャーパート（ADV）」→「シミュレーションパート（SLG）」→「コミュニケーションパート（COM）」の３つで構成されており、一連の流れが終了すると、次のシナリオ（ADVパート）が開始します。

舞台の初めは、イラン・イラク戦争。
アメリカが鋼の乙女連合軍の陣頭指揮を任されることになり、主人公は乙女たちの指揮官としてイランに派遣される。

1999年3月のNATO軍によるコソボ紛争（アライドフォース作戦）が舞台。
ユーゴスラビア国内のアルバニア系住民による独立運動が日増しに強まる中、アメリカを中心としたNATOの国々が和平調停を求めてきた。

日本の仮想戦争が舞台。
ソ連がユーゴスラビアに攻撃を行ったという情報が入り、さらに次の目的が日本であると判明。急遽、主人公が日本に派遣され、指揮をとることになる。

ニンテンドー3DS版だけ特別に書き下ろした「おまけシナリオ」を3本収録しています。
ここでしか見れない、鋼の乙女たちのプライベートをお楽しみください。

《収録シナリオ》
・エストのお姉ちゃんと一緒
・リンディの世界で一番お姫様
・ソロヴィの一人でできるもん

シミュレーションパートで、各キャラクターは「アクションポイント(AP)」を持っています。
APとは、ユニットの行動力を表す数値です。移動や攻撃など戦闘中の全ての行動は、このAPを消費することで実行することができます。

ですので、「移動⇒攻撃⇒待機」といった決まった一連の流れではなく、「攻撃⇒攻撃⇒攻撃⇒移動(ひたすら攻撃して離脱)」や「移動⇒攻撃⇒移動⇒攻撃(ヒットアンドウェイ)」など、戦い方はプレイヤー次第によって変わるのが大きな特徴です。

また、行動はAPが足りなくなるまで行うことが可能です。
行動によって消費したAPは、毎ターンの開始時に回復します。

鋼の乙女キャラクター等の一部のユニットにはHPとAPの他に、SPという特殊なパラメーターが設定されています。
このSPは毎ターンの開始時に一定数ずつ上昇し、このSPを大量に消費することで強力な攻撃「必殺技」を使用することが出来ます。
ここぞという時に使用して、敵を倒そう！

ゲームを進めていくと、特定の鋼の乙女のペアで合体技が使用できるようになります。
合体技の使用条件は厳しいものとなっていますが、必殺技より強力な攻撃を行うことができます。

合体技の使用条件

『萌え2次シリーズ』では、2Dのビジュアルマップを用いていましたが、本作では3Dマップで戦闘フィールドを表現し、より臨場感のある戦場となっています。

戦闘中にキャラクターがダメージを受けＨＰが減ると「カットイン」が表示されることがあります。
さらに攻撃を受けていると、こんなにも破れた「カットイン」も…。

全ての戦闘が3D戦場マップのフィールド上で行われます。演出を駆使した大迫力の戦闘シーンをお楽しみください。

鋼の乙女が戦闘中にレベルアップするとボーナスポイントが得られ、そのポイントを割り振ることによりで自分好みに「鋼の乙女」をカスタマイズさせることができます。
これにより、育てる楽しみがさらに広がります。

自分好みの「鋼の乙女」を育てよう！

戦闘中に特定の条件を満たすと、ミニゲームが発生します。
パズルのピースを入れ替えて制限時間内に一つの絵柄にする「パズル」や、角度と強さを調整して、的に向かって砲弾を放つ「砲撃ゲーム」など、複数の種類のミニゲームを楽しめます。

サバイバルモードは、専用のマップを連続で戦い続けていく上級者向けのモードです。

戦場マップ上の敵を全て倒し、クリアした時点で生き残った味方のキャラクターだけで次のマップへ進むことができます。

味方のキャラクターが全員撃破されてしまうと、サバイバルモードは終了します。サバイバルモードで鍛えたキャラクターのレベルは、本編に引き続ぐことができます。

最初はSLG初心者の方でもクリアできますが、戦場マップが進むにつれ、難易度が高くなってくるので、プレイヤーの能力が求められます。

シミュレーションゲーム初心者の方でも安心してお楽しみ頂けるように「チュートリアル」を搭載しています。