大久保忠世の子。1563年、家康に見出されて仕える。1569年、今川氏真の遠江掛川城攻めで初陣。1570年、姉川の戦いでは忠隣の奮戦で勝勢を得、戦功を称された。1590年、武蔵羽生城主。1594年、父忠世が死去し、旧領の小田原城代となる。1614年、大久保長安の不正糾弾とその処分に連座して近江に配流となる。