ソナー室は水中を航行する『やまと』にとっては、「眼」ともいえる重要な部署だ。 周囲の音や探信音（ピンガー）の反響音を集音して、周囲の状況を探査や艦の判定を行なう。 遠距離に位置する艦船は音紋が不鮮明のため多くの情報が不明となるが、相対距離を縮める事で対象艦の艦名や状態等のより正確な情報を得ることができ、その様にして対象艦の情報を明確にする事で、初めて攻撃を仕掛けることができるようになる。 つまり、情報を素早く収集する事が勝敗の分かれ目になるので、ソナーの確認は頻繁におこなうこととなる。 ただ、探信音はこちらの位置を敵に知らされる恐れがあるので、多様は避けることをお奨めする。 また、ソナーは水中と水上しか探知することができないが、モードをレーダーモードに切替えることで、空中にいるヘリなどを探知することができる。 ただし、使用するには水面近くまで浮上することが必要な上、空中の敵に対しては『やまと』は直接攻撃がおこなえないので、使用には状況を考慮しなければならない。