魚雷室では戦況の合わせ、魚雷・対艦ミサイルの装填をおこなう。 最大装填数は「8」に限定されており、装填にも一定の時間が必要となるため、状況に合わせた指定が勝利の決め手となる。 更に、魚雷を装填する魚雷発射管は敵の攻撃等により故障が発生する事があるため、いざ装填を行なおうとしても魚雷管全てが使用不能になっている可能性も考えられる。 最悪の場合、敵艦隊の真中で反撃できないことも想定できるので、魚雷発射管の状態には注意した方がいい。 なお、魚雷・対艦ミサイルはゲームを通して本数が決まっており、各戦闘をクリアしても補充されない。 その為、全ての戦闘を視野に入れた長期的な魚雷・対艦ミサイルの運用が必要となる。 ただ、弾数の管理が面倒なプレイヤーは、ゲーム開始時の【初級】【中級】【上級】の難易度選択で、弾数に余裕がある【初級】を選択するといいだろう。 逆に、【上級】を選択すればより弾数は極端に制限され、より原作に近い緊張感のある戦闘が可能となる。 難易度は高いが、原作ファンはぜひチャレンジしてほしい。